Dentro de la estructura organizativa de Valencia Intermodal y Logística S.A. , S.M.E, M.P. destacan:
• Consejo de Administración en el que están representados la Autoridad Portuaria de Valencia, la Generalitat Valenciana, el Ayuntamiento de Valencia y la Entidad Pública Empresarial de Suelo (SEPES).
• Comisión Ejecutiva, constituida por Acuerdo del Consejo de Administración VPI.